南苑清真寺位于南苑镇车店衔49号，始建于民国十八年（1929年）。1959年南苑地区有回族311人，60余户，后有一些211厂的回族职工加入，发展到90余户。清真寺的修建与南苑机场的建成有直接关系。北京南苑机场建于1910年，是我国最早建成的飞机场。早先南苑只有七、八户回民，并没有清真寺。南苑机场建成后，生意人日渐增多，形成了一个小的回族聚居区，在这个基础上修建了清真寺。在二十世纪30年代在原来的基础上进行了扩建。民国时期，时任国防部部长的白崇禧（回族）曾两次资助南苑清真寺修缮。1998年又进行了翻修。现清真寺占地350平方米，建筑面积280平方米，周边有149户回族群众，信教穆斯林约600人左右。